Posso pagar a multa com 40% de desconto e recorrer?

De acordo com o que diz o § 1º do art. 283 do CTB - Código de Trânsito Brasileiro, não.

O desconto de 40% é concedido ao condutor quando ele reconhece que a infração ocorreu. Dessa forma, ele não poderá, em tese, apresentar Defesa Prévia ou Recursos.